layout: post title: "PRN: 为神经科学相关研究而生的预印本服务" date: "2015-01-05 20:44:14" categories: 开放获取 auth: conge
把科学论文正式发表之前将手稿放到预印本寄存平台上与同行分享，使其得到提早曝光和反馈的做法，已经在物理，天文和数学等领域中被普遍认可。然而，预印本还未被神经科学领域所接受。原因之一可能是缺乏专门服务于神经科学领域的预印本寄存服务。为了解决这个问题，我们启动了一个社区资助项目Preprints of the R－fMRI Network （PRN）。PRN为静息态功能性核磁共振成像（R-fMRI）以及神经科学相关的研究提供免费的手稿提交与寄存服务。PRN会邀请领域内专家作为顾问，同the R－fMRI Network的其他读者一起，对提交的手稿进行同行“评阅”和提供反馈。所有的手稿和对手稿的反馈都会获得一个可供引用的永久链接地址，并可以免费开放获取。PRN的目标是为具有“同行评审”机制的期刊发行体系提供补充平台，使最新的研究发现能在世界范围内快速的流通。我们希望PRN能帮助神经科学领域接受预印本这一模型，为相关研究提速，最终达到能达到增强人类精神健康的目的。
Chaogan Yan1-3, Qingyang Li3, Lei Gao3,4
1 The Nathan Kline Institute for Psychiatric Research, Orangeburg, NY, USA
2 Department of Child and Adolescent Psychiatry, New York University Langone Medical Center, New York, NY, USA
3 Editorial Office of PRN, the R-fMRI Network, Inc., New York, NY, USA
4 Department of Radiology, the First Affiliated Hospital of Nanchang University, Nanchang, China
在向传统的学术期刊提交手稿，进行同行评审和发表之前，一些领域的研究者习惯把手稿作为预印本在领域内分发。他们通过这种方式获得及时的反馈，用来提高手稿的质量确保文章能被期刊接受，这一做法同时也向同行宣告了自己的研究。Paul Ginsparg 博士在1991年为物理学家们建立了著名的预印本数据库arXiv(arXiv.org)。随着越来越多领域的科学家开始接受预印本，arXiv逐步扩张，目前涵盖了天文，数学，计算机科学，非线性科学，定量生物学以及统计学等学科(Ginsparg, 2011)。 arXiv上存贮了将近百万篇的文献预印本全文（截至2013年11月1日，确切数目为983739篇）。arXiv的注册用户可以提交手稿（支持多版本），而所有的访客均可以免费浏览，查看和引用arXiv上的任何文章。尽管arXiv不提供评价系统和反馈机制让用户向同行推荐感兴趣的文章或向作者提供反馈，它仍是极具价值的学术资源。
研究者对于预印本的态度依其所在的领域不同而有所差别。神经科学领域就仍未采用预印本发布。神经科学家们通常也会在向期刊提交手稿之前把手稿拿给合作者或者同事阅读以寻求反馈，但这通常都是私下在小团体之间进行。这种有限的分享很可能是因为神经科学领域中并没有一个集中的预印本服务的缘故。直到2013年生命科学领域才出现了两个专注于生物学的预印本服务(Callaway, 2013; Van Noorden, 2012)。PeerJ公司的 PeerJ Preprints (https://peerj.com/preprints/) 和 Cold Spring Harbor Laboratory 的 bioRxiv (http://biorxiv.org) 都是在2013年才成立的预印本服务，它们提供预印本寄存服务并且具备在线反馈和评论系统。提早得到反馈能帮助作者修改和提高他们的文章，为传统期刊的同行评审做好准备。同时，评论者也可以因其对文章的贡献而在最终发表的版本中得到致谢。然而，目前仍然是神经科学类预印本的萌芽阶段，bioRxiv和PeerJ Priprents分别只有56篇和38篇神经科学文章(截至2013年11月1日，请看表格1)。为促进预印本的接受度还需要更多的努力。
表1:神经科学相关预印本服务概览 (数据获取日期为2014年11月1日)
| 名称 | 范围 | 启动日期 | 链接 | 文献总数 | 神经科学相关 | fMRI相关 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| arXiv | 数学,物理，天文，计算机科学，定量生物学，统计，定量金融学 | 1991年8月14日 | arXiv.org | 984,747 | 475＊ | 142＊＊＊ |
| bioRxiv | 生命科学的各个分支，但不接受临床研究； | 2013年11月11日 | biorxiv.org | 825 | 56＊＊ | 6＊＊＊ |
| PeerJ PrePrints | 生物科学，医药科学，健康科学。 | 2013年4月3日 | peerj.com/preprints | 581 | 38＊＊ | 5＊＊＊ |
*: 在arXiv上搜索关键字“neuroscience”得到的文献数目.
**: 相应网站上“神经科学分类”中的文献数量.
***: 相应网站上搜索关键字“fMRI”得到的文献数目.
神经科学的下属分支神经成像学，尤其是专注于静息太的功能性核磁共振成像(R-fMRI)，自诞生起就尊崇开放的数据分享 (例如, ADHD-200-Consortium, 2012; Biswal et al., 2010; Di Martino et al., 2014; Hall et al., 2012; Mennes et al., 2013; Milham, 2012; Mueller et al., 2005; Satterthwaite et al., 2014; Van Essen et al., 2013; Zuo et al., 2014), 开放的软件共享 (例如, Bellec et al., 2012; Rubinov & Sporns, 2010; Sikka et al., 2014; Song et al., 2011; Taylor & Saad, 2013; Whitfield-Gabrieli & Nieto-Castanon, 2012; Xia et al., 2013; Chao-Gan & Yu-Feng, 2010; Zang et al., 2012; Zuo & Xing, 2014) 和学习资源分享(例如, Training Course in fMRI (http://sitemaker.umich.edu/fmri.training.course) and The R-fMRI Course (http://rfmri.org/Course)).R-fMRI是一种研究大脑持续活动的方法，在基础、转化和临床神经科学中有广泛应用。由于它对因为个体发展、老化和疾病所带来的变化敏感(Andrews-Hanna et al., 2007; Fair et al., 2008; Greicius, 2008; Zuo et al., 2010)，近年来，使用R-fMRI方法的研究越来越热门(Fornito & Bullmore, 2012; Fox & Raichle, 2007; Kelly et al., 2012; Van Dijk et al., 2010)。这一领域目前每年有近1000篇研究论文发表（见表1），并且呈指数扩张趋势。这一领域非常开放，也有越来越多的研究者加入进来，基于此，我们相信具有同行评论功能的预印本服务会对这个领域的发展大有益处。
基于以上，我们发布了一个预印本发型模型，希望能催化R-fMRI和与其相关的神经科学研究。我们将PRN设计成为一个社区资助，开放获取，免费投稿，同行审阅的预印本服务。PRN的目标是成为传统的具有“同行评审”的期刊系统的补充，为神经科学领域提供在全球快速交流最新科研发现的平台。
PRN的实现是基于The R-fMRI Network(RFMRI.ORG)成功实现上的。The R-fMRI Network(RFMRI.ORG)是一个支持R-fMRI相关研究的平台。The R-fMRI Network以众多的研究者为节点（node），研究这通过彼此连接与共享而建立联系（edge，边）。通过这样的一个网络，脑成像科研人员能过有效的分享点子，评论，资源，工具，经验，数据和快速增长的大脑相关的知识。具有基础、临床神经科学或方法学背景的科研人员可以通过这个网络建立联系。The R-fMRI Network目前已经有5000多名注册会员，我们意在增强彼此间的合作，以达到将神经科学基础知识和研究方法转化为临床应用的目的。
The R-fMRI Network(RFMRI.ORG)是一个整合了基于mailman(http://www.gnu.org/software/mailman/)的邮件列表服务的基于drupal(http://drupal.org)论坛系统。作为一个在线论坛，用户可以在The R-fMRI Network上发布研究想法，讨论争议性问题，求助软件使用问题，分享经验，报告初步结果，发起合作，甚至寻找工作机会。The R-fMRI Network是几个R-fMRI数据处理软件（例如，DPABI, DPARSF and GraphVar）和在线学习资源的的首发站，汇集了一些开放数据的链接和最新被Pubmed收录的R-fMRI相关文献。网站所有的讨论都会通过邮件列表推送给注册用户，用户可以在自己的电子邮件客户端中对讨论贴直接进行回复。
PRN时在RFMRI.ORG现存架构的基础上建构起来的。向PRN提交手稿就如同在网上论坛发帖一样简单：只需将文章标题作为帖子标题，将手稿的扉页和摘要作为帖子内容，并将PDF版本的手稿全文作为帖子附件发布即可。之后，该预印本会被分配一个永久的URL，获得有方便的类似论坛的评论回复系统。所有的注册用户会通过网站内建的邮件列表系统提醒所有的用户有新的文章发布。此外，PRN还具有以下的特性。
PRN只接受预印本投稿。作者们仍然可以将原告或者修改稿投向具有正式的同行评审机制的传统期刊（只要该期刊接受已经作为预印本发布过的内容）。PRN只会对手稿的格式稍做检查，并联系文章的通信作者以确认投稿是经过通讯作者允许的。作为预印本服务，PRN既不提供同行评审，也不提供语言编辑服务。
投稿在PRN的所有文章都会在线免费提供。读者可以任意阅读，下载和评论任何文章。所有的投稿都会有投稿时间，并得到一个能够用于引用的永久URL，并且会被谷歌学术索引。文章的URL类似于http://rfmri.org/PRN_140828001，其中会有文章发布的时间戳.
PRN并不要求作者将文章的版权转交，但是PRN需要足够的权限来保证合法的保存和发布稿件。PRN需要的许可信息可以在http://rfmri.org/PRN_140831001看到。总体说来，作者们需要向PRN授予非独占和不可撤销的许可(non-exclusive and irrevocable license)、创作共用署名许可或者创作共用署名-非商业-相同方式共享许可之一。
与其他开放获取期刊不同的是，PRN不向投稿的作者收取任何费用。
PRN上的文章会由感兴趣的读者和顾问进行“评阅”。PRN聘请领域内的专家作为顾问，每位顾问有义务每6个月至少评论一篇文章。PRN每月会评选“顾问推荐”和“读者推荐”的文章。同时，PRN还会评出最为“活跃”－获得最多评论或修改－的文章。通过这些措施，来推动对文章的反馈和修正。
PRN的成功需要社区共同努力。我们鼓励用户捐助我们，来帮助PRN。捐助地址是http://rfmri.org/HelpUs。捐助以自愿为原则。
科研人员可能会担心传统的学术期刊可能会拒绝发表已经作为预印本在网络上流通的论文。为了消除这种担忧，PRN在神经科学，物理学和数学领域内的一些学术期刊的主编中发起了一个关于预印本的跨学科的讨论。 一个物理学期刊的主编提到了 arXiv 在物理学研究中的宝贵作用，物理学家们几乎每天都会浏览arXiv上的预印本以获得领域前沿动态。几位神经科学期刊的主编也确认了他们的期刊接受已经发布为预印本的手稿。
根据开放获取信息数据库SHERPA的罗密欧（RoMeo）服务中的信息(http://www.sherpa.ac.uk/romeo),我们组织了一个PRN兼容期刊列表(http://rfmri.org/PRN_20140921001)。准备向PRN投稿的作者请务必先查看这个列表，确认你的投稿目标杂志与PRN兼容，以避免向PRN投稿后影响你向某些正式期刊投稿。
我们成立了PRN预印本服务，意在使其催化R-fMRI以及相关的神经科学研究。 我们通过给预印本服务配备在线评论系统和邮件通知系统来向R-fMRI社区推广领域能的前沿研究，同时邀请领域内专家作为顾问来评论预印本手稿。我们希望PRN能够帮助这一领域内的科学家们接受预印本这一研究成果发布模式，进而加速R-fMRI以及相关的神经科学研究，最终实现增强人类的精神健康。
2015-01-05