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layout: post title: "Bash脚本的批量作业" date: 2015-06-16 17:09 comments: true

categories: 科研 Linux

前言

其实这个博文很短，就是记录下今天下午写的bash代码。所有完成的工作的目的就是实现对于研究做服务器集群的使用。

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需求说明

  1. 首先实验室的服务器不同于前面的深圳超算中心代码，深圳超算是可以疯狂提交，因为后台的作业调度系统自动帮助你进行调度。一次一个核的安排。我的任务就是只使用一个核，但是需要同时计算很多任务，比如50个。
  2. 实验室服务器性能比较好，但是一个节点只有15个核，但是当提交多于15个任务的时候就会出现性能的下降。所以我的任务要求就是可以控制总任务量比如50个任务，保持运行任务数目为15个，一个任务结束，另外一个任务自动开启。
  3. 可以后台运行，这样方便我关闭机器，回头再查看任务结果。

bash脚本

网上发现一个非常好的脚本，Bash脚本实现批量作业并行化

基本上，整体的代码都是参考的作者的实现只是修改了CMD这个函数部分。


#!/bin/sh
Possibility="step10"
date="20150602"
prog="chanel8.3.1"

mkdir ~/run/${date}/${Possibility}

Njob=50    # 作业数目
Nproc=3    # 可同时运行的最大作业数

function CMD {        # 测试命令, 随机等待几秒钟
    mkdir ~/run/${date}/${Possibility}/no$1
    cd ~/run/${date}/${Possibility}/no$1
    cp ~/run/${date}/${prog} .
    ./${prog}>record    
}

Pfifo="/tmp/$$.fifo"   # 以PID为名, 防止创建命名管道时与已有文件重名，从而失败
mkfifo $Pfifo          # 创建命名管道
exec 6<>$Pfifo         # 以读写方式打开命名管道, 文件标识符fd为6
                       # fd可取除0, 1, 2,5外0-9中的任意数字
rm -f $Pfifo           # 删除文件, 也可不删除, 不影响后面操作

# 在fd6中放置$Nproc个空行作为令牌
for((i=1; i<=$Nproc; i++)); do
    echo
done >&6

for((i=1; i<=$Njob; i++)); do  # 依次提交作业
    read -u6                   # 领取令牌, 即从fd6中读取行, 每次一行
                               # 对管道，读一行便少一行，每次只能读取一行
                               # 所有行读取完毕, 执行挂起, 直到管道再次有可读行
                               # 因此实现了进程数量控制
    {                          # 要批量执行的命令放在大括号内, 后台运行
        CMD $i && {            # 可使用判断子进程成功与否的语句
            echo "Job $i finished"
        } || {
            echo "Job $i error"
        }
        sleep 1     # 暂停1秒，可根据需要适当延长,
                    # 关键点，给系统缓冲时间，达到限制并行进程数量的作用
        echo >&6    # 归还令牌, 即进程结束后，再写入一行，使挂起的循环继续执行
    } &

done

wait                # 等待所有的后台子进程结束
exec 6>&-           # 删除文件标识符

然后用这个方式运行，bash test3.sh > log &

后面的"&"号一定要加上，这样这个脚本就转入后台运行，可以更加方便。

然后top查看下运行的进程，确保脚本启动成功。

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