layout: post title: 分子模拟周刊：第 26 期 categories:
夏至已过, 独立日也到了. 仿佛转了一个身, 2020年就已经过去一半.
站在年中回望, 21世纪的第2个十年从一开始就预示了它的不凡, 各种纷至沓来, 让人无所适从. 这真是大变化的一年. 无论幸运抑或不幸, 每个人都实实在在地经历着煎熬. 这其中的多少故事, 或喜或悲, 我猜以后定会出现在我们的记忆中, 书写中, 绘制中, 拍摄中.
前几年的独立日, 我们可以一起去看烟花. 孩子是最喜欢的, 虽然她更喜欢把它们称为烟炮, 因为那会发出很大的响声, 让她有些怕, 眼里却舍不得那些转瞬即逝的美丽. 今年是没有机会再看到那些了. 烟花无疑是脆弱的, 无法帮我们赶走病毒.
这些种种的变化, 或大或小, 都会给我们留下生命的印记, 让我记起 半生缘 中的一段:
曼桢道：“世钧。”她的声音也在颤抖。世钧没作声，等着她说下去，自己根本哽住了没法开口。曼桢半晌方道：“世钧，我们回不去了。”他知道这是真话，听见了也还是一样震动。
是的, 世事无常, 变化永恒, 既然再也无法回去, 那就坦然拥抱, 负重前行吧.
这几天试着处理金属配合物的力场, 发现并没有太简单的方法. amber的MCPB是个比较常用的工具, 但没有经验也不容易. 这个工具好在是独立的, 还带有图形界面, 试试总是好的.
在网上闲逛的时候, 偶然看到PID控制器曲线, 一股熟悉的味道扑面而来. 这不是和径向分布函数RDF一样么? 可以用这个曲线来拟合RDF, 还是可以用这个曲线的理论来解读RDF? 再深入看了下才发现, 这个曲线是有物理意义的, 但对应的方程是个微分积分方程, 只能数值求解, 没法得到解析表达式. 至于能不能用于解释RDF曲线, 那还要多想.
曲线参数的含义可以参考如何通俗地解释 PID 参数整定？, 曲线计算的代码可以参考已知微分方程或传递函数的PID控制器设计.
如果需要在网页上显示声音的波形图和频谱图, 可以试试这个工具. 对应的网上资料很多, 示例教程也很多, 可以很快就用上.
学艺术和建筑的, 经常要外出采风和写生. 做科研的也同样需要, 只不过换成了阅读文献和查看问题. 阅读别人的论文其实就是采风, 而尝试解决别人提出的问题, 就是写生了.
很老的一种金属配位参数做法.
前面推荐工具的原始论文, 对背后作法的说明.
amber的MCPB.py的原始论文, 附带的支撑材料中有两个示例, 可用于学习如何使用. 网上还有一个辅助脚本prep-mcpb.py, 可用于生成MCPB.py需要的输入文件.
这篇2019自然通讯上的文章用MPCB.py处理的金属蛋白, 可以参考, 或作为文章引用.
opls的名字就标识了它关注的是小分子溶液, 不是蛋白, 虽然它的原子类型有部分和amber一致, 但是amber的旧版本参数, 现在也不再发展了. 这就是为什么蛋白质之类的建议用amber的原因, 因为amber力场参数一直在修正, 出新版本, 但oplss采用的amber力场参数却不再更新. 至于charmm和amber用哪个, 不好说, 很大程度上是站队的问题, 看你那个方向的文章用哪个就跟着用吧, 只要审稿人没意见就好
蛋白里有些结晶水很重要，去掉后结构就容易变，模拟很久都不一定变得回来。此外，程序加的水需要模拟很久才有可能让蛋白达到正确结构。对于对接得到的新复合物结构，要是不小心处理的话，判断结构模拟是否真的平衡、合理就变得非常非常困难了。虽然不是每个结晶水都这么重要，但你不知道哪个结晶水这么重要，只能尽可能保留。对结晶水的处理虽然麻烦，但是能避免以后更大的麻烦。
保存频率要根据你要分析的东西来, 不同体系不同目的设置的频率是不一样的, 一般是保存的时间间隔至少要是你关心性质的最快运动周期的1/2, 1/5或1/10, 再大了就无法分析那种运动了. 对蛋白而言, 不同的运动模式有不同的时间尺度, 我的ppt上有个大致的图, 可以参考. 至于文件过大, 我一般是这么做到, xtc频率稍高些, trr要低, 因为trr中含有速度和力, 可用于重启计算, 这样如果中途断了的话, 可以用trr重启, 或者你发现xtc的频率不够, 也可以将trr中的对应部分提取出来, 重新跑一段, 这样就不至于要完全从头重跑
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