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“你，还有你，”维德指指程心和柯曼琳，“以后不允许出现这样没有意义的精神失控，你们只能前进，不择手段地前进！”
“前面没路了，放弃吧。”瓦季姆看着维德恳切地说。
“你们认为没有路，是因为没有学会不择手段。”
“那会议怎么办，取消议程吗？”
“不，议程按计划进行。文件来不及准备了，我们只能口述。”
“口述什么？半公斤的探测器还是五百克的猫？”
“都不是。”
维德最后这句话让瓦季姆和柯曼琳的眼睛亮了起来，程心也瞬间恢复了活力，弹簧般从草坪上跳起来。
这时，载着中弹的罗辑的救护车在军警车和直升机的簇拥下开远了，纽约的灯海又恢复了光芒。在这光灿的背景之上，维德像一个黑色的鬼魅，只有双眸的冷光时隐时现。
“只送大脑。”他说。
——刘慈欣《三体·死神永生》
上个月参加了一个生物学的bootcamp, 有几个主题讲演, 我觉得最有意思的一个讲的是神经科学的进展. 神经科学涉及到的领域很多, 脑科学, 神经学, 大数据, 神经网络. 既要实验, 也要借助计算机科学, 因为目前的数据量实在是太大了. 讲演还讨论了物理上的还原论是否适用于神经科学, 有点上升到哲学的认识论了.
题图是马斯克的neuralink公司在做的事, 给人的大脑嵌入巨量的连接, 提取信号, 然后识别. 如果成功了, 人类离黑客帝国中的母体就更近了.
埃隆·马斯克（Elon Musk）的项目，似乎都是为人类失败做准备。
发电厂无法可靠供电时，太阳能电池板必不可少。沙特阿拉伯无法供应石油时，电动汽车必不可少。地面互联网关闭时，星联计划提供卫星上网。地球无法居住时，就移居火星。
嗯, 这个neuralink看来同样是在为人类失败做准备. 如果无法保存整个身体, 那就只保存大脑吧.
只是, 我看着上面的图, 脑壳有点疼.
经常有人问起如何对GROMACS的氢键进行占有率, 寿命等分析, AMBER提供了类似的功能, 而GROMACS好像没有. GROMACS自带的氢键分析工具确实没有太多分析功能, 只能自己想办法. 这个网上的python脚本可以试试, 虽然已经好久未更新了. 有时间的话, 可以扩展下脚本的功能.
有时需要对自己的程序进行计时, 看看修改代码后效率是不是提高了. 自己写了一个bash脚本来做, 用的方法来自Hard data for timing distributions. 如果是C代码, 可用采用在程序中插入计时代码的方法, 一个简单的实现可以参考C语言也用tic、toc计时, Execution time of C program.
这里收集了很多团簇的极小能量结构, 可作为各种团簇的模拟初始构型. 数据很好, 只是网站有点乱, 可以好好整理一下, 更容易使用.
提供最新可用的sci-hub地址.
各种生活知识, 也有小实验. 上周下水管堵了, 还去看了看如何疏通. 看多了真得多能鄙事.
学艺术和建筑的, 经常要外出采风和写生. 做科研的也同样需要, 只不过换成了阅读文献和查看问题. 阅读别人的论文其实就是采风, 而尝试解决别人提出的问题, 就是写生了.
自由能计算的文章, 根据MD轨迹计算自由能, 有点类似AMBER的3D-RISM.
自由能计算方法的综述, 对各种方法都进行了介绍总结, 可作为入门材料.
一般预平衡的流程是先nvt, 再npt, 如果初始构型够好, 只做npt也可以. 至于成品模拟, 做nvt或npt取决于要研究的东西.
如果成品模拟做nvt, 那选择的盒子是来自npt的, 那么最好选择压力最接近平衡压力的构型, 这样偏差小, 当然很多时候也不管那么多.
反正水盒子很容易平衡, 而且水的可压缩性很小, 很多做法就从简了, 没有那么严格. 但如果是不熟悉的液体, 还是要严格按要求来, 否则可能导致nvt的结果不是正常压力下的.
一般体系的可压缩性都比较小, 不会导致很大误差.
这个错误意思是选中的水分子与water这个组里有重叠，所以不能，在index中排除一下就行了
你看看gmx hbond支持不支持选区语法, 如果支持, 可以写个脚本来自动计算, 否则就要每次生成ndx文件, 比较麻烦
你可以单独计算某个氢键，看看在轨迹上的0 1分布，基本就是占有率了
你把每个时刻氢键的信息输出来, 看有没有形成, 用形成的帧数除上总帧数就好了,
不过hbond命令的-hbn选项: 所有选择的组, 选择组中的施体, 氢原子和受体, 所有组中形成氢键的所有原子, 所有参与插入的溶剂原子
网上也有一个脚本.
不能, 需要自己改代码, 或者采取特殊做法, jacs有篇日本人的文献做过超声, 可以参考
gromos力场没法用那个脚本, 除非改代码, 因为gromos力场不是按组合规则来算vdw系数的, 是直接指定的.
g_mmpbsa -f 60_100ns.xtc -s ../step5.tpr -n index3.ndx -i polar.mdp -nomme -pbsa -decomp < pbsa-input 计算MM部分能够进行蛋白太大了, 不能一次算完, 要分块算, 但使用的apbs不支持并行, 没法算. 解决办法是使用并行版的apbs, 或这使用分块功能.
在庆祝SCIENCE创刊125周年之际，该刊杂志社公布了125个最具挑战性的科学问题。
简单归纳统计这125个问题，其中涉及生命科学的问题占46%，关系宇宙和地球的问题占16%，与物质科学相关的问题占14%以上，认知科学问题占9%。其余问题分别涉及数学与计算机科学、政治与经济、能源、环境和人口等。
在今后1/4个世纪的时间里，人们将致力于研究解决这些问题。其中，前25个被认为是最重要的问题。最后6个数学问题选自Clay数学研究所提出的新千年问题。
看看, 125个问题中涉及生命科学占46%, 接近一半. 21世纪是生物的世纪, 此言不虚.
21世纪确实是生物的世纪, 但未必是你我的世纪. 这一点要时刻牢记啊.
这125个问题如下：
- 宇宙由什么构成?
- 意识的生物学基础是什么?
- 为什么人类基因会如此之少?
- 遗传变异与人类健康的相关程度如何?
- 物理定律能否统一?
- 人类寿命到底可以延长多久?
- 是什么控制着器官再生?
- 皮肤细胞如何成为神经细胞?
- 单个体细胞怎样成为整株植物?
- 地球内部如何运行?
- 地球人类在宇宙中是否独一无二?
- 地球生命在何处产生、如何产生?
- 什么决定了物种的多样性?
- 什么基因的改变造就了独特的人类?
- 记忆如何存储和恢复?
- 人类合作行为如何发展?
- 怎样从海量生物数据中产生大的可视图片?
- 化学自组织的发展程度如何?
- 什么是传统计算的极限?
- 我们能否有选择地切断某些免疫反应?
- 量子不确定性和非局部性背后是否有更深刻的原理?
- 能否研制出有效的HIV疫苗?
- 温室效应会使地球温度达到多高?
- 什么时间用什么能源可以替代石油?
- 地球到底能负担多少人口?
- 宇宙是否唯一?
- 是什么驱动宇宙膨胀?
- 第一颗恒星与星系何时产生、怎样产生?
- 超高能宇宙射线来自何处?
- 是什么给类星体提供动力?
- 黑洞的本质是什么?
- 正物质为何多于反物质?
- 质子会衰减吗?
- 重力的本质是什么?
- 时间为何不同于其他维度?
- 是否存在比夸克更小的基本粒子?
- 中微子是其自己的反粒子吗?
- 是否有解释所有相关电子系统的统一理论?
- 人类能够制造最强的激光吗?
- 能否制造完美的光学透镜?
- 是否可能制造出室温下的磁性半导体?
- 什么是高温超导性之后的成对机制?
- 能否发展关于湍流动力学和颗粒材料运动学的综合理论?
- 是否存在稳定的高原子量元素?
- 固体中是否有超流动性?如果有，如何解释?
- 水的结构如何?
- 玻璃态物质的本质是什么?
- 是否存在合理化学合成的极限?
- 光电电池的最终效率如何?
- 核聚变将最终成为未来的能源吗?
- 驱动太阳磁周期的原因是什么?
- 行星怎样形成?
- 是什么引发了冰期?
- 使地球磁场逆转的原因是什么?
- 是否存在有助于预报的地震先兆?
- 太阳系的其他星球上现在和过去是否存在生命?
- 自然界中手性原则的起源是什么?
- 能否预测蛋白质折叠?
- 人体中的蛋白质有多少存在方式?
- 蛋白质如何发现其作用对象?
- 细胞死亡有多少种形式?
- 是什么保持了细胞内的通行顺畅?
- 为什么细胞的成分可以独立于DNA而自行复制?
- 基因组中功能不同于RNA的角色是什么?
- 基因组中端粒和丝粒的作用是什么?
- 为什么一些基因组很大，另一些又相当紧凑?
- 基因组中的“垃圾”(“junk”)有何作用?
- 新技术能使DNA测序的成本降低多少?
- 器官和整个有机体如何了解停止生长的时间?
- 除了继承突变，基因组如何改变?
- 在胚胎期，不对称现象是如何确定的?
- 翼、鳍和面孔如何发育进化?
- 是什么引发了青春期?
- 干细胞是否位于所有肿瘤的中心?
- 肿瘤更容易通过免疫进行控制吗?
- 肿瘤的控制比治愈是否更容易?
- 炎症是所有慢性疾病的主要原因吗?
- 疯牛病会怎样发展?
- 脊椎动物在多大程度上依赖先天免疫系统来抵抗传染病?
- 对抗原而言，免疫记忆需要延长暴露吗?
- 为什么孕妇的免疫系统不拒绝其胎儿?
- 什么与有机体的生物钟同步?
- 迁徙生物怎样发现其迁移路线?
- 为什么要睡眠?
- 人类为什么会做梦?
- 语言学习为什么存在临界期?
- 信息素影响人类行为吗?
- 一般麻醉剂如何发挥作用?
- 导致精神分裂症的原因是什么?
- 引发孤独症的原因是什么?
- 阿兹海默症患者的生命能够延续多久?
- 致瘾的生物学基础是什么?
- 大脑如何建立道德观念?
- 通过计算机进行学习的极限是什么?
- 有多少个性源于遗传?
- 性别倾向的生物学根源是什么?
- 生命树是生命之间系统关系最好的表达方式吗?
- 地球上有多少物种?
- 什么是物种?
- 横向转移为什么会发生在众多的物种中以及如何发生?
- 谁是世界的共同祖先?
- 植物的花朵如何进化?
- 植物怎样制造细胞壁?
- 如何控制植物生长?
- 为什么所有的植物不能免疫一切疾病?
- 外界压力环境下，植物的变异基础是什么?
- 是什么引起物质消失?
- 能否避免物种消亡?
- 一些恐龙为什么如此庞大?
- 生态系统对全球变暖的反应如何?
- 至今共有多少人种，他们之间有何关联?
- 是什么提升了现代人类的行为?
- 什么是人类文化的根源?
- 语言和音乐演化的根源是什么?
- 什么是人种，人种如何进化?
- 为什么一些国家向前发展，而有些国家的发展停滞?
- 政府高额赤字对国家利益和经济增长速度有什么影响?
- 政治与经济自由密切相关吗?
- 为什么改变撒哈拉地区贫困状态的努力几乎全部失败?
- 有没有简单的方法确定椭圆曲线是否存在无穷多解?
- 霍奇闭链是代数闭链的和吗?
- 数学家将会最终给出Navier-Stokes方程的解吗?
- 庞加莱实验能否确定4维空间的球?
- 黎曼zeta函数的零解都有a+bi形式吗?
- 对粒子物理标准模型研究是否会停止在量子Yahg-Mills理论上?
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Postdoc and PhD Positions in Theoretical and Computational Membrane Biophysics, Erlangen, Germany
PhD position in Theoretical Polariton Driven Photochemistry, Stockholm University
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