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layout: post title: 开源版和试用版pymol的安装 categories:

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pymol

2020-04-20 21:47:36

pymol很多人都在用, 我以前也整理过其安装流程. 这里重新整理一下开源版和使用版pymol的安装流程, 供需要的人参考.

这篇说明的另一个目的是测试一下图片PPT式的教程比起图片+文字版来是否更有优势. 你可以点击任意一张图片, 看看效果.

开源版pymol的安装

先给出我笔记本的配置, 11年前了老机器了, 你的机器大概率比我的好. 下载<a href="https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html">Miniconda</a>. 我装的是<code>Python 3.7</code>的<code>Miniconda3 Windows 64-bit</code>, 目前版本为<code>Miniconda3 4.8.2</code>. 不再建议使用<code>Python 2.7</code>版本的了, 毕竟那个时代终会过去, 早点适应吧. 也可以安装Anaconda代替, 但我不使用Anaconda作为python环境, 只作为pymol的环境, 这样的话, Anaconda带有很多我不需要的功能, 太大了. 安装Miniconda. 我安装到F盘. 下载<a href="https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol-open-source">pymol相关文件</a>, 需要的有3个: - <code>numpy-1.18.2+mkl-cp37-cp37m-win_amd64.whl</code> - <code>Pmw-2.0.1-py3-none-any.whl</code> - <code>pymol-2.4.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl</code> $将下载的pymol相关文件放到安装<code>【Miniconda安装路径】\Scripts\</code> 下$ $在<code>【Miniconda安装路径】\Scripts\</code>下打开cmd, 或其他终端, 依次执行: 1. <code>pip install numpy-1.18.2+mkl-cp37-cp37m-win_amd64.whl</code> 2. <code>pip install Pmw-2.0.1-py3-none-any.whl</code> 3. <code>pip install pymol-2.4.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl</code>$ 正常安装完成后, 会出现一个<code>pymol.exe</code>. 三个安装文件可删可留, 随你意. 双击打开<code>pymol.exe</code>测试一下, 可以看到是开源版的, 老式的界面.

试用版pymol的安装以及...

到<a href="https://pymol.org/2/">pymol官方网站</a>直接下载免安装版(第二个), 目前为<code>PyMOL-2.3.4_121-Win64-portable-py37.zip</code>. $直接解压. 我放到<code>E:\PyMOL2.3.4</code>. 完成后, 可以看到<code>PyMOLWin.exe</code>. 这是个32位的启动程序. 双击就可以了.$ 运行后可以看到, QT界面, 30天的试用版. <code>ray</code>之后的图片带有水印. 这个水印还是容易去除的. 这么说, 是因为我已经知道怎么做了, 所谓会者不难. 我<a href="https://jerkwin.github.io/2020/04/18/%E5%88%86%E5%AD%90%E6%A8%A1%E6%8B%9F%E5%91%A8%E5%88%8A-%E7%AC%AC_15_%E6%9C%9F/">之前的做法</a>死活不成功, 是因为找错了位置. 透漏这点信息, 就足够了.