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数理
汉化 chem: true

2015-02-02 08:51:05

轨道查看器Oribital Viewer可用于查看类氢原子的各种轨道及其线性组合成的轨道. 在学习结构化学或量子化学时, 可以使用这个软件熟悉各种轨道, 并获得感性认识, 对理解抽象的原子轨道很有帮助.

轨道查看器是一个很小巧的程序, 但功能强大, 可惜的是已经好久好久没有更新了. 不过单以它目前的功能, 对大多数应用就已经足够了. 它的更多功能请查看其手册或这篇简介.

为了方便使用, 我将轨道查看器简单地汉化了一下, 放在这里供需要的人下载. 更好的方法应该是将这个程序的功能完全用HTML5实现, 这样就可以完全将其变为网页版工具了, 更方便使用. 可惜我现在没有时间来实现, 希望不久以后能有时间完成这个项目.

下载的程序包解压后各文件说明如下:

Exam- - - - - - - - - ORB文件实例
CHANGES.TXT- - - - - -程序版本信息
OrbitalViewer.exe- - -原英文版主程序
OrbitalViewer.pdf- - -英文版手册
OV.HLP- - - - - - - - 帮助手册
OV.INI- - - - - - - - 程序配置文件
winhlp32.exe- - - - - 如果在Window 7 系统上无法打开OV.HLP, 可以使用此程序打开
轨道查看器.exe- - - - 汉化版主程序

用轨道查看器创建复杂的线性组合轨道时, 由于软件界面太小十分不便, 因此我在下面提供了一个简单的创建线性组合轨道的网页版工具. 你可以在这里编辑分子构型并指定每个原子上的轨道及其组合系数, 然后将输出的ORG文件用轨道查看器打开就可以了.

下面的示例是苯分子每个碳原子上的 2pz 轨道的线性叠加, 组合系数全为1, 可以看作是苯分子的大派键.

PhOrb

<table><tr> <td> XYZ文件<br/><textarea id="xyzCoor" style="width:400px; height:500px; resize: none"> 12 Ph C 0.000000000 0.000000000 0.000000000 2 p 1 1 C 1.401399999 0.000000000 0.000000000 2 p 1 1 C 2.102100000 1.213648001 0.000000000 2 p 1 1 C 1.401400001 2.427296001 0.000000000 2 p 1 1 C 0.000000001 2.427296001 0.000000000 2 p 1 1 C -0.700699999 1.213648001 0.000000000 2 p 1 1 H -0.535000000 -0.926647182 0.000000000 1 s 0 0 H 1.936399997 -0.926647181 0.000000000 1 s 0 0 H 3.172099998 1.213648001 0.000000000 1 s 0 0 H 1.936400001 3.353943183 0.000000000 1 s 0 0 H -0.534999996 3.353943182 0.000000000 1 s 0 0 H -1.770699997 1.213648000 0.000000000 1 s 0 0 </textarea></td> <td> <figure><figurecaption>分子构型</figurecaption><br/> <script> var Mol=new ChemDoodle.TransformCanvas3D('Mol-1', 400,500); Mol.specs.backgroundColor='black'; Mol.specs.set3DRepresentation('Ball and Stick'); Mol.specs.projectionPerspective_3D = false; Mol.loadMolecule(ChemDoodle.readXYZ("", 1)); </script></td> <td> ORB文件<br/><textarea id="orb" style="width:400px; height:500px; resize: none"> </textarea></td> </tr></table><script> var $=function(id){return document.getElementById(id)}; var atmID={"H":"1", "HE":"2", "LI":"3", "BE":"4", "B":"5", "C":"6", "N":"7", "O":"8", "F":"9", "NE":"10"} function genCoor() { var Fmol=$("xyzCoor").value.replace(/\r/g,"").replace(/\n[ |\t]+/g,"\n").replace(/^[ |\t]+/,"").replace(/[ |\t]+$/,"") Mol.loadMolecule(ChemDoodle.readXYZ(Fmol, 1)); $("orb").value="OrbitalFileV1.0" + "\nDefaultPerspective 25" + "\nBackgroundColor 0xFFFFFF" + "\nUseQuickRender Yes" + "\nQuickRenderMode Polygons" + "\nRenderMode Polygons" + "\nFixedSize Yes" + "\nScale(m) 4.35102592844e-010" + "\nPerspective 25" + "\nLastWidth 1920" + "\nLastHeight 923" + "\nCameraCenterX(m) 2.05907183636e-011" + "\nCameraCenterY(m) 3.97145233366e-011" + "\nCameraCenterZ(m) 6.53032428133e-009" + "\nCameraTheta(rad) -0.917808448546" + "\nCameraPhi(rad) -1.39781383294 " + "\nCameraPsi(rad) 0.725522810489" + "\nCameraCx 20767.5" var Lines=Fmol.split("\n"), Natm=Lines[0], Line for(var i=1; i<=Natm; i++) { Line=Lines[1+i].split(/\s+/) $("orb").value += '\nAtom { #' + i + "\n n " + Line[4] + "\n l " + Line[5] + "\n m " + Line[6] + "\n Protons(Z) " + (atmID[Line[0].toUpperCase()] || Line[0]) + "\n CenterX(m) " + Line[1]*1E-10 + "\n CenterY(m) " + Line[2]*1E-10 + "\n CenterZ(m) " + Line[3]*1E-10 + "\n Factor " + Line[7] + "\n AngleBeta(rad) " + Math.PI/2. + "\n}" } $("orb").value += '\nLight { # Light 1' + '\nPositionX(m) -80' + '\nPositionY(m) 80' + '\nPositionZ(m) 80' + '\nIntensity 1' + '\nAmbience 1' + '\nLocal No' + '\n}' + '\nPsi^2(log10) -3' } </script>