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GROMACS文件类型(功能分类)

参数文件

• mdp 运行参数文件, 用作gmx grompp与gmx convert-tpr的输入文件 原始文档

• m2p 用作gmx xpm2ps的输入文件 原始文档

结构文件

• gro GROMACS格式 原始文档
• g96 GROMOS-96格式 原始文档
• pdb 蛋白质数据库格式 原始文档

通用结构格式: gro, g96, pdb, tpr, tpb或tpa

结构+质量(db): tpr, tpb, tpa, gro, g96或pdb. 用作分析工具的输入文件. 当使用gro或pdb时, 从质量数据库中读取近似质量.

拓扑文件

• top 体系拓扑(文本) 原始文档
• itp 包含拓扑(文本) 原始文档
• rtp 残基拓扑(文本) 原始文档
• ndx 索引文件 原始文档

运行输入文件

• tpr 体系拓扑, 参数, 坐标与速度(二进制, 可移植) 原始文档
• tpa 体系拓扑, 参数, 坐标与速度(文本) 原始文档
• tpb 体系拓扑, 参数, 坐标与速度(二进制) 原始文档

通用运行输入文件格式: tpr, tpb或tpa

轨迹文件

• tng 任意类型数据(压缩, 可移植, 任意精度) 原始文档
• trj 坐标x, 速度v和力f(二进制, 全精度) 原始文档
• trr 坐标x, 速度v和力f(二进制, 全精度, 可移植) 原始文档
• xtc 只含坐标x(压缩, 可移植, 任意精度) 原始文档
• gro 坐标x和速度v(文本, 任意精度) 原始文档
• g96 只含坐标x(文本, 固定高精度) 原始文档
• pdb 只含坐标x(文本, 降低精度) 原始文档

全精度数据格式: tng, trr或trj

通用轨迹格式: tng, xtc, trr, trj, gro, g96或pdb

能量文件

• ene 能量, 温度, 压力, 盒子尺寸, 密度和维里(二进制) 原始文档
• edr 能量, 温度, 压力, 盒子尺寸, 密度和维里(二进制, 可移植) 原始文档

通用能量格式: edr或ene

其他文件

• dat 通用, 用作输入文件更好 原始文档
• edi 关键动力学约束输入, 用于gmx mdrun 原始文档
• edo 关键动力学约束输出, 用于gmx mdrun 原始文档
• eps 封装Postscript 原始文档
• log 日志文件 原始文档
• map 颜色映射输入, 用于gmx do_dssp 原始文档
• mtx 二进制矩阵数据 原始文档
• out 通用, 更宜用作输出 原始文档
• tex LaTeX输入 原始文档
• xpm 文本矩阵数据, 使用gmx xpm2ps来转换为eps 原始文档
• xvg xvgr输入 原始文档