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layout: post title: Jmol的扩展xyz文件格式 categories:

2014-07-01 13:37:55

与原始格式相比, Jmol所支持的xyz格式有所扩展

<table><caption>Jmol xyz格式</caption> <tr> <th style="text-align:center;">1</th> <th style="text-align:center;">2</th> <th style="text-align:center;">3</th> <th style="text-align:center;">4</th> <th style="text-align:center;">5</th> <th style="text-align:center;">6</th> <th style="text-align:center;">7</th> <th style="text-align:center;">8</th> </tr> <tr> <td style="text-align:center;">Natm</td> <td colspan="7" style="text-align:center;"></td> </tr> <tr> <td colspan="8" style="text-align:center;">Tips</td> </tr> <tr> <td style="text-align:center;">Sym</td> <td style="text-align:center;">x</td> <td style="text-align:center;">y</td> <td style="text-align:center;">z</td> <td style="text-align:center;"></td> <td style="text-align:center;"></td> <td style="text-align:center;"></td> <td style="text-align:center;"></td> </tr> <tr> <td style="text-align:center;">Sym</td> <td style="text-align:center;">x</td> <td style="text-align:center;">y</td> <td style="text-align:center;">z</td> <td style="text-align:center;">vibX</td> <td style="text-align:center;">vibY</td> <td style="text-align:center;">vibZ</td> <td style="text-align:center;"></td> </tr> <tr> <td style="text-align:center;">Sym</td> <td style="text-align:center;">x</td> <td style="text-align:center;">y</td> <td style="text-align:center;">z</td> <td style="text-align:center;">FormalCharge(integer)/PartialCharge(decimal)</td> <td style="text-align:center;"></td> <td style="text-align:center;"></td> <td style="text-align:center;"></td> </tr> <tr> <td style="text-align:center;">Sym</td> <td style="text-align:center;">x</td> <td style="text-align:center;">y</td> <td style="text-align:center;">z</td> <td style="text-align:center;">FormalCharge(integer)/PartialCharge(decimal)</td> <td style="text-align:center;">AtomRadius</td> <td style="text-align:center;"></td> <td style="text-align:center;"></td> </tr> <tr> <td style="text-align:center;">Sym</td> <td style="text-align:center;">x</td> <td style="text-align:center;">y</td> <td style="text-align:center;">z</td> <td style="text-align:center;">FormalCharge(integer)/PartialCharge(decimal)</td> <td style="text-align:center;">vibX</td> <td style="text-align:center;">vibY</td> <td style="text-align:center;">vibZ</td> </tr> </table>

参考

  1. XYZ file format
  2. File formats/Formats/XYZ
  3. Tech note: extended XYZ file support in Jmol