layout: post title: gmx_ir脚本更新：精简临时文件提升速度 categories:
以前时候, 具体是什么时候也记不清了, 我整理过利用MD轨迹计算红外光谱的资料, 并给了一个示例脚本gmx_ir. 后来我更新过一次那个脚本, 提供了计算部分体系红外光谱的功能. 这个脚本用的人不多, 也就没发现什么问题. 直到最近才有人反映, 更新后的脚本计算速度变慢, 临时文件也过大. 计算蛋白体系红外光谱的时候, 中间文件可以达到几十G, 计算时间有时会超过一天. 我知道更新后的脚本速度会慢一些, 却未曾料到会如此之慢. 本来嘛, 写这个脚本就是为了节省大家的时间, 可现在却白白浪费了别人的时间, 虽不说是罪过, 也于心不忍. 所以我就再将其更新一下, 添加了几条GROMACS的调用, 临时轨迹中只保留最后一个原子, 这样不仅使得临时文件大大减小, 计算速度也有了很大提高. 对大点的蛋白体系来说, 虽不能做到立等可取, 泡杯茶的时间足以.
仅此志之, 何足道哉.