仓库源文，站点原文

layout: post title: gmx_mmpbsa脚本更新：清理整理输出 categories:

• 科 tags:
• gmx

• 2021-11-26 09:35:17

前段时间有人指出, 我的gmx_mmpbsa脚本的能量分解输出中的残基名称与原始文件中的不一样. 我查看了一下, 确实如此, 因为脚本中对所有残基进行了重新编号. 如果原始文件中的残基编号不是从1开始的顺序编号, 那自然与脚本所给的不一致. 这也不能算是个错误, 只是输出时的不同考虑. 不过考虑到一般是以原始文件的编号为准, 修正一下可能更方便使用.

借着修正这个问题的机会, 我顺便把所有的输出文件也重新清理或整理了一下, 以期更方便查看和使用. 这不是很重要, 却很繁琐. 因为这个脚本已经很长了, 重构起来都有点吃力, 接近快要失去控制的感觉, 生怕修改后的计算结果与以前的不一致. 不过, 好在完成了, 初步测试也没有发现结果错误.

以前的脚本说明文章暂时没有机会修正, 这里简要列出一些更新说明吧:

• gmx的屏幕输出保存到_pid.err: 用于查看gmx是否运行成功, 错误信息
• 每帧的能量分解的pdb输出, 每项都单独列出
  • pid~0ns~res_MMPBSA.pdb
  • pid~0ns~resMM.pdb
  • pid~0ns~resMM_COU.pdb
  • pid~0ns~resMM_VDW.pdb
  • pid~0ns~resPBSA.pdb
  • pid~0ns~resPBSA_PB.pdb
  • pid~0ns~resPBSA_SA.pdb
• 所有帧结果汇总
  • _pid~MMPBSA.dat: 主输出文件
  • _pid~res.dat: 各个残基每项贡献平均值, 下面为分别列出的数据及相应pdb文件
  • _pid~res_MMPBSA.dat
  • _pid~res_MMPBSA.pdb
  • _pid~resMM.dat
  • _pid~resMM.pdb
  • _pid~resMM_COU.dat
  • _pid~resMM_COU.pdb
  • _pid~resMM_VDW.dat
  • _pid~resMM_VDW.pdb
  • _pid~resPBSA.dat
  • _pid~resPBSA.pdb
  • _pid~resPBSA_PB.dat
  • _pid~resPBSA_PB.pdb
  • _pid~resPBSA_SA.dat
  • _pid~resPBSA_SA.pdb
• 主输出文件中计算了Ki值, 给出了一个关于自由能和亲和度的简单表格, 虽然可能没什么用.