layout: post title: markdown在计算化学领域的扩展应用 categories:
markdown是纯文本格式, 轻量级, 方便管理查找, 适合用于书写文档, 整理资料, 工作展示. 对我熟悉的计算化学领域, 我觉得可以进行一些扩展, 方便其使用.
数学公式
MathJax可能是大多数人的选择
代码高亮加色
有很多的js工具可实现
幻灯片展示
最简单的解决方式就是插入一段js代码, 利用其它js工具的方法就很多了
代码运行结果插入
类似于一些人宣称的文学编程, 或说可重复性研究.
基于R的knitr是类似的例子. 其实, 这种文档代码一起的方式很多程序都支持, matlab中的publish, mathmatica的document都是类似的东西.
简单地说就是, 在markdown中插入一段代码, 转换的时候可以调用系统命令执行这段代码, 并将执行结果插到代码后面.
对于示例性代码的演示或者数据作图, 这个功能很方便.
我已经实现一些类似的功能了, 主要是针对gunplot. 因为很多时候, 我们需要对计算结果进行作图,
GUI的作图方式只适合少量数据, 也不容易程序化, gnuplot的命令行方式和markdown结合更好.
流程图
计算机的上古时代就使用ASCII字符画流程图, 但现在我还没发现能将这种文本格式的流程图转化为HTML格式的工具.
相反功能的工具倒是有一个
分子构型
这是化学特有的, 其他领域的这种需要很少.
理论上, 所有的3D js库都可以完成, 但我们需要特别针对化学领域的.
如果追求速度, 质量和功能, 可以使用基于Java的Jmol.
如果只是展示, 可选择ChemDoodle或GLmol.
可参考下面的文章.