title: Linux 下安装 BUSCO tags:
官网说 BUSCO 直接可以用 conda 安装，但 ... 我从来没有成功过，经过多次的实践，总结了能够成功安装 BUSCO 的方法 ...
<!--more-->Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) 是用于评估基因组组装和注释的完整性的工具 通过与已有单拷贝直系同源数据库的比较，得到有多少比例的数据库能够有比对，比例越高代表基因组完整度越好
可以评估三种数据类型：
使用需要评估的生物类别所属的数据库（从 busco 数据库下载）比对，得出比对上数据库的完整性比例的信息
BUSCO 官网上介绍说可以直接使用 conda 安装，但据我实践，是不可以的，需要手动安装诸多依赖
conda 的安装参考 Linux 下安装 conda
先创建一个 Python3.7 或 3.6 的环境
conda create -n busco python=3.7
激活刚刚创建的环境
conda activate busco
升级环境内的 pip 并且换源
python -m pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple --upgrade pip
pip config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
安装所需依赖
pip install sepp
conda install pandas
conda install biopython==1.7
我们需要使用刚刚创建的虚拟环境中的 Python 来编译安装 BUSCO，所以一定要先激活对应的环境
下载 BUSCO 安装包
wget https://gitlab.com/ezlab/busco/-/archive/5.4.5/busco-5.4.5.tar.gz
如果没有 wget，使用 curl 也可以，或者安装 wget
编译安装 BUSCO
cd busco-5.4.5
python setup.py install
至此便安装完成了，输入下列命令可以查看 BUSCO 的帮助信息，也可以验证 BUSCO 是否安装完成
busco -h
后面使用某些命令时可能会提示缺少模块，缺少哪个模块，搜索一下模块的包名，然后使用 conda 安装，如果 conda 不能按照，那就使用 pip 安装
conda install package.name
pip install package.name