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title: WSL 搭建生信分析环境 date: 2023-08-15T20:49:31+08:00 tags:

"Windows"
"Bioinformatics" slug: jdksf7d9

在做生信分析的时候，很多情况下都会用到 Linux 环境，而大多数人的电脑都是 Windows 环境，目前 Windows 下使用 Linux 最主流的两种方法就是服务器和虚拟机，但服务器的价格比较高，并且在文件传输等方面不太方便；虚拟机对电脑的要求比较高，并且占用也很大、启动时间长且配置较为麻烦，现如今，在 Windows 上已经有 WSL 了，使用它做生信分析极大地提高了效率，避免了很多问题。

WSL 的优点

安装、配置方便，Windows10/11 原生集成，可迅速安装配置
启动速度快，配合 VScode 可迅速进入工作状态
占用低，可以通过 .wslconfig 来限制占用的硬件资源
文件传输方便，可以直接打开 Windows 下的文件
WSL2 已支持图形界面
与 Windows 系统互相独立互不干扰
可以备份恢复，便于迁移

WSL 的缺点

由于 WSL2 与 Windows 通过网络协议互相访问，导致直接访问 Windows 系统下的文件时速度会下降
Windows 自带的 openssh 版本低，导致 VScode 会与 WSL 断开连接
WSL 下使用 Windows 代理时需要配置
默认安装在 C 盘，但可以自行下载安装包解压后安装在其他盘

WSL 的安装

参考我的文章 Windows10 & 11 安装 WSL2

WSL 的配置

此处默认以 Debian 系为例，我使用的是 Debian11

换源

直接参考各大开源软件镜像站的文档即可，推荐中科大的，一行命令即可换源

常用软件的安装

下载器

sudo apt-get install wget curl

Git

sudo apt-get install git

conda

参考文章 Linux 下安装 conda

oh-my-zsh

更加美观、便捷的终端，使用清华镜像安装（需要先安装 Git）

git clone https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/ohmyzsh.git
cd ohmyzsh/tools
REMOTE=https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/ohmyzsh.git sh install.sh

Nodejs

Debian 系发行版自带的 Nodjes 版本较低，使用 NodeSource 维护的 PPA 安装指定版本的 Nodejs（需要先安装 curl），修改版本号即可

curl -fsSL https://deb.nodesource.com/setup_18.x | sudo -E bash -
sudo apt-get update
sudo apt-get install nodejs

Neofetch

系统信息查看工具

sudo apt-get install neofetch

输入 neofetch 即可查看系统版本、CPU、内存等信息

其他

Linux 下安装 BUSCO

连接 VScode

安装最新版的 Vscode，然后在 VScode 的插件商店搜索并安装名为 WSL 的插件

插件安装完成后在 WSL2 的终端中输入code .，等待下载相关文件后 VScode 便会自动打开，后面直接打开 VScode 就会自动启动 WSL2

使用 Git 的 openssh

由于 Windows 自带的 openssh 版本较低，可能会导致 WSL 与 VScode 断开连接，所以我们使用最新版 Git 的 openssh

先使用淘宝镜像下载安装最新版的 Git

在 Windows 系统的开始菜单搜索编辑系统环境变量，以此点击环境变量——系统环境变量里的Path——编辑——新建

将 Git 路径下的usr\bin添加进去，例如我的 Git 安装在默认路径，这里就写C:\Program Files\Git\usr\bin

然后点击上移，将刚刚添加的 Git 的路径移动到%SYSTEMROOT%\System32\OpenSSH\之上，代表优先使用 Git 的 openssh

最后打开 powershell 或 cmd，输入下列命令关闭 WSL2，再次启动 WSL2 即可

wsl --shutdown

限制 WSL2 的内存

进入 wsl，输入下列命令建立 .wslconfig 文件

vi "$(wslpath "C:\Users\YourUsername\.wslconfig")"

把 yourUsername 换成自己的 Windows 用户名

然后输入下列内容

[wsl2]
memory=1GB 
processors=1
swap=1GB

这些内容分别指定了 WSL2 实例的最大内存为 1GB、占用核心为 1 核心和交换分区为 1GB

保存后打开 power shell，输入 wsl --shutdown 关闭 wsl，再重新进入即可

扩展使用

在指定目录打开终端

默认情况下，VScode 中终端会在用户根目录下打开，即~目录，但~下有很多软件和系统的配置文件等，会影响我们的视野，我采用的方法是在根目录下建立一个work目录，然后 cd 到该目录，再输入code .打开 VScode，这样每次打开终端都会再work目录下打开，将所需要的文件放进去，会方便很多

在 Windows 下查看 Linux 下文件

在终端中输入

explorer.exe .

就会在当前目录打开 Windows 的文件资源管理器，但很多文件无法在 Windows 下直接编辑，没有权限，建议还是使用 VScode 编辑文件

WSL 直接访问 Windows 下的文件

Windows 下的各个盘全部默认挂载在 WSL/目录下的/mnt目录中，例如 C 盘的路径为/mnt/c，这样我们就可以直接在 WSL 中访问 Windows 下的文件，但需要注意的是，WSL 为 Linux 系统，与 Windows 系统的文件系统不同，例如 Linux 下的文件及文件夹名称大小写不同，不能包含空格，所以这里使用的时候需要注意

git clone 后没有权限

输入下列命令将克隆的文件与文件夹的所有者改为指定用户

sudo chown -R username ~/work/xxxx

WSL 的备份与导入

导出 WSL

wsl --export <Distribution Name> <FileName>

导入 WSL

wsl --import <Distribution Name> <InstallLocation> <FileName>

将指定 tar 文件导入和导出为新的发行版选项包括：

--vhd：指定导入/导出发行版应为 .vhdx 文件，而不是 tar 文件 --version：（仅导入）指定将发行版导入为 WSL 1 还是 WSL 2 发行版

WSL 的卸载

wsl --unregister <DistributionName>

参考资料

使用 WSL 在 Windows 上安装 Linux

WSL 的基本命令